1- نقص التمويل والبنية التحتية اللازمة للتعلم الإلكترونى: ويتمثل ذلك فى عدم توفر الميزانية والأجهزة والأثاثات والتجهيزات وجميع متطلبات التعلم الإلكترونى، ويمكن التغلب على تلك المعوقات من خلال إشراك مؤسسات المجتمع والقطاع الخاص والأفراد من خلال مساهماتهم ودعمهم للمشروع. وتخصيص جزء من ميزانية التعليم لتطبيقه.
2- نقص القوى البشرية المدربة: وتتمثل فى عدم وجود الفنيين والخبراء والمتخصصين اللازمين لتطبيق مشروع التعلم الإلكترونى. ويمكن التغلب على ذلك بعقد دورات تدريبية مكثفة للقوى البشرية اللازمة، وإرسالهم فى بعثات تدريبية إلى الدول المتقدمة.
3- الأمية التكنولوجية في المجتمع ونقص الوعى بالتعلم الإلكترونى: وهذا يتطلب جهداً مكثفاً لتدريب وتأهيل المعلمين والمتعلمين بشكل خاص استعداداً لهذه التجربة.
4- ارتباط التعلم الإلكترونى بعوامل تكنولوجية أخري: مثل كفاءة شبكات الاتصال، وتوافر الأجهزة والبرامج، ومدي القدرة علي تصميم وإنتاج المحتوي التعليمي بشكل متميز، وهذا يتطلب الاهتمام برفع جودة شبكات الاتصال بالإنترنت، وكذلك توافر كافة المتطلبات من الأجهزة والبرامج، و توفير برامج تدريب علي مهارات التصميم والإنتاج لمحتوي تعليمي عالي الجودة.
5- عدم فهم الدور الجديد للمعلم فى ظل التعلم الإلكترونى: المفهوم الخاطئ السائد أن التعلم الإلكتروني يلغى دور المعلم، وهذا يتطلب توضيح الأدوار الجديدة للمعلم في التعلم الإلكتروني والتي أصبحت أكثر فاعلية وإيجابية عن قبل. ولا يمكن الاستغناء عن دور المعلم.
6- حداثة ظهور تطبيقات التعلم الإلكتروني، علاوة علي نشأة كثير من هذه الأساليب التعليمية علي أيدي الشركات التجارية، وهي غير مؤهلة عملياً وثقافياً لمثل هذه المهمة، وللتغلب علي ذلك يتطلب دعم وتأكيد علي دور المؤسسات التربوية في الإعداد والتخطيط للتعلم الإلكتروني؛ حتى لا تتعرض العديد من تجاربه للفشل، نتيجة غياب الجانب التربوي في عملية التخطيط والإعداد والتصميم، حيث يتم التركيز علي الجانب التقني بدرجة كبيرة.