من أهم المشكلات التى تعوق الأستخدام الفعال للإنترنت ما يلى :
1- يتعرض الأنترنت بصفة مستمرة للتغير الكبير والسريع.
2- قد يستخد الأنترنت كأداة مضيعة للوقت.
3- هناك بعض القضايا التى يثار حولها جدلا دائما مثل حق التأليف.
4- بعض المصادر المتاحة على الأنترنت تحتاج إلى كلمة سر.
5- الأنتشار الكبير للاعلانات على الأنترنت وبشكل تطفلى.
6- ومن المشكلات الكبيرة على الأنترنت مشكلة الأمن.
7- عدد المصادر على الأنترنت غير معروف ويصعب حصره.
8- الضبط الببليوجرافى الجيد للمصادر على الأنترنت غير متوفر.
9- مصادر الأنترنت غير ثابتة ، أى أنها تتغير وتتحرك كل يوم .
10- كثيرا من مصادر الأنترنت لا يتم أرشفتها.